Rafineria Nafty Jedlicze powstała w 1899 roku.

W 1963 roku Rafineria – jako pierwsza rafineria w Polsce – rozpoczęła regenerację olejów przepracowanych (odpadowych). Początkowo proces regeneracji prowadzony był na przystosowanych do tego celu urządzeniach instalacji Destylacji Kotłowej. W kolejnych latach zbudowano w Rafinerii ciąg specjalistycznych instalacji do regeneracji olejów przepracowanych, pozwalających na pełny recykling olejów odpadowych i uzyskiwanie w jego wyniku pełnowartościowych olejów bazowych, o jakości porównywalnej z olejami bazowymi uzyskiwanymi z przerobu ropy naftowej.

W obecnej formie prawnej Rafineria funkcjonuje od 1996 roku, po przekształceniu z przedsiębiorstwa państwowego w spółkę akcyjną pod firmą Rafineria Nafty Jedlicze Spółka Akcyjna.

Od 1999 roku jej większościowym (75% kapitału zakładowego spółki) akcjonariuszem jest Polski Koncern Naftowy ORLEN S.A., a Rafineria Nafty Jedlicze S.A. jest tym samym częścią Grupy Kapitałowej ORLEN.